自此后五十年间，吴全节历元世祖、元成宗、元武宗、元仁宗、元英宗、元泰定帝、元天顺帝、元文宗凡八朝。因其才气横溢，为人聪颖达悟，贞静文雅，且善识为政大体，故受知于朝廷，成为重要心腹政治谋臣。
他在掌教前后，一如其师张留孙，参与宫廷政事，举荐贤能，疏解朝臣之间的龃龉。特别是自金以来，孔子之嗣失统，吴全节于延皊（1314～1320）中力言于朝廷，遂以其五十四代孙孔思晦袭封衍圣公；元统（1333～1334）初，思晦卒，有乘间觊觎者，吴全节复言于朝，乃以思晦之子克坚袭封。另一方面，由他参与政治活动，既得元室之信任，又广交大臣显贵，为其玄教的发展提供了良好的政治环境。
吴全节儒道兼修。其师张留孙在向皇帝奏对或与廷臣议论时，必曰：“臣留孙之弟子全节深知儒学，可备顾问。”元代大儒吴澄称：“吴真人全节寄迹道家，游意儒术，明粹开豁，超出流俗。”许有壬曾奉敕给吴全节的画像写赞语，其中有两句：“人以（公）为仙，我以（公）为儒。”吴全节善诗，有诗文集《看云录》若干卷，《代祠稿》诗二百余篇。吴澄赞其诗曰：“其诗如风雷振荡，如云霞绚烂，如精金良玉，如长江大河。”（吴澄《吴闲闲宗师诗序》）李存谓其诗“和而庄，丰而安，婉而不曲，陈而不肆，其正始之遗音乎！”吴全节对道教各种方术兼收并蓄，他出身龙虎宗，熟知符箓斋醮，在燕京崇真宫期间，又向南宗道士陈可复学雷法，向东华派首领林灵真学道法，又向南宗道士赵淇学内丹。他鉴于灵宝斋法，授受既久，渐失宗旨，乃集诸家所传，手为删定，类为二十四门，总为十卷，题曰《灵宝玉鉴》。这是玄教道士仅有的一部道教着作。
