清朝统一全国后接受了佛教，对道教采取了严格的防范和抑制的政策。清初的顺治、康熙、雍正从笼络汉人的角度出发，抑制的程度较为宽松。顺治册封第52代天师张应京为正一嗣教大天师，册封全真道龙门派领袖王常月为“国师”。康熙沿袭了册封张天师的定制，但明令禁止跳神驱鬼等道术活动，给正一道很大的限制和打击。雍正是清朝唯一优待道教的皇帝，他主张利用儒道佛三教为统治服务，对道教的治世作用持肯定态度，宠信龙虎山道士娄近垣，也迷恋仙丹方术。
然而，从乾隆开始，满清皇室对道教的贬抑越来越强。乾隆宣布藏传佛教为国教，道教为汉人的宗教，他将正一真人的品秩由二品降为五品，对道教的活动限制不断加强，嘉庆、道光皇帝对张天师的地位继续贬降。鸦片战争后，国家落后衰弱，道教更是江河日下。咸丰、同治年间的太平天国运动，沉重地打击了江南地区原本昌盛的道教。
娄近垣是清朝正一道中唯一能以着述流传后世者，着有《龙虎山志》等，他提倡三教合一，特别融合禅学，主张性命双修，从无心、无住、无为为要点的性功入手，继而炼化精气来得道成真。清朝正一道的地位很低，但在民间影响很大，乾隆废除度牒制度后，传播到东北、新疆、台湾等边远地区。
