12世纪中原地区，不愿与金朝统治者合作的汉族士人在山东、河北建立了新道教：王重阳创立的全真道继承了钟吕二人的内丹思想，并以“三教合一”、“全精、全气、全神”和“苦己利人”为特点，并逐渐包容合并了萧抱珍创立的太一道和刘德仁创立的真大道，开启了道教浓墨重彩的新篇章。
南宋统治者对待道教的态度与北宋基本一致，宋理宗积极推广劝善书《太上感应篇》。张继先的“正一雷法”，得到北宋亡国之君宋徽宗的宠信。另外，除了传统的三山符箓，还衍生出了王文卿的神霄派、雷时中的天心派、黄舜申的清微派、宁全真的东华派和何真公的净明道等新道派。白玉蟾发展了内丹修炼，创立了先命后性、性命双修的金丹南宗。
元朝前期，全真龙门派祖师丘处机真人以74岁的高龄，自山东昆嵛山西游35000里，在中亚机遇“一代天骄”成吉思汗，成就了“一言止杀”的历史性创举与汉蒙佳话，获得成吉思汗崇奉而呼之为“神仙”，拜之为国师，掌管天下道教，为全真道的大发展奠定了基础。经过尹志平、李志长相继掌教，全真道进入鼎盛期，道门兴旺，宫观遍地。元朝统一全国后，全真道南下传教，并与金丹南宗交流丹道。两派有着共同的内丹理论渊源，陈致虚提出的“五祖七真”传承系统得到共识，元惠宗时全真道和金丹南宗正式合并为一。真大道也融入全真道。1277年，蒙古人册封张陵及其历代传人为“天师”，命张宗演“领江南道教事”，并在此时形成玄教。茅山宗、太一道、神霄派、清微派、东华派、天心派等符箓道派继续发展，宣扬“儒道合一”“忠孝净明”的净明道也在江西流行。1304年元成宗扶植张与材为“正一教主”，标志着正一道正式形成。
