真宗赵恒对符箓道教推崇备至，喜欢大造祥瑞和天书，认道教神仙赵玄朗为祖宗。宋代屡屡给玉皇大帝尊号，称昊天玉皇大帝，使玉皇大帝的地位被突出。
宋徽宗赵佶，为着名崇道皇帝。他既信奉道教，本人也是全国教主，宠遇神霄派弟子林灵素。徽宗建立道学制度和道学博士，道官中最高的称为金门羽客。
宋理宗崇尚天师道经箓派，他召见正一道士第三十五代天师张可大，命其提举三山符箓，使正一道成为江南天师道经箓道教的领袖。
北方沧州刘德仁创立大道教，卫州萧抱珍创立太一教，得到北方政权金的承认。
金世宗时，王重阳创立全真道，其弟子刘处玄和丘处机先后掌教期间，得到金廷承认。在金元交替之际，处机审时度势，不奉南宋和金人之诏，以七十高龄，率弟子十八人，而远赴万里之外的西域雪山，历时四年，见到了成吉思汗，处机以道教清心爱民之旨告诫成吉思汗少杀戮，得到成吉思汗敬重，使中国民众少了蒙古铁踢流血之祸。处机回京后，住在长春宫（今白云观）。在那灾难深重的年月，人们纷纷逃入全真门下避祸。有云：中原狼虎怒垂涎，幸有桃源隐洞天，流水落花依然在，请君乘取断头船。全真道教团迅速扩张，随着元的统一，全真道传向全国。
龙虎山天师道第三十八代天师张与材，以术劾治潮患有功，被元廷封为正一道教主，主领三山符箓，元皇室的目的是笼络人心，并控制江南的道教活动。忽必烈对投他心意的正一道士张留孙、吴全节师徒留在身边，封为玄教宗师，统领北方道教。
元廷兴宠藏传佛教，番僧气焰非常嚣张，忽必烈封其师八思巴为国师，下令两次焚毁《道藏》，这是道教史上的大劫难。《辍耕录》：至元间释氏豪横，改宫观为寺，削道士为髡，各处陵墓，发掘殆尽。
