在秦汉之际，泉州就有隐者和方士巫术的活动。西晋太康年间(公元280-289年)，泉州府治南建置白云庙，就是元妙观的前身。学术界一般认为，白云庙是道教传入泉州后所建的第一座道观，也是道教传入福建后的第一座道教宫观。唐代崇奉道教，奉老子为祖先，泉州的道教得到地方官倡导，发展很快，并出现一批著名道士和著名道教学者。五代时闽王政权推崇佛教和道教。晋江王留从效、节度使陈洪进，既推崇佛教又倡导道教。赵宋王朝极力提倡道教，所以道教在宋代十分盛行，相应的民间信仰也十分活跃。宋代对民间神庙的赐封，达到空前绝后的程度。泉州的道教经历唐、五代时期的发展，至宋代进入儒、道、释合一的新时期。

元代，元太祖和元武宗均尊崇道教，经常赐封著名道士，所以元代泉州的道教也很兴盛。根据元朝的宗教政策，道士可免除差役，这为道教的发展提供了有利条件。元朝中央设宣政院、功德使司两个衙门，专门管理僧人和道士等各门宗教人士，且在地方各路、府、州、县设置下属机构，称僧录司、僧正、都纲等，具体管理地方各门宗教。

元代皇庆二年(公元1313年)，朝廷又同意各处路、府、州、县的寺观，推举有德行，知佛法的长老，由各门宗教人士保举，经官府批准而出任僧官，以处理寺庙宫观内外事务。

元代至元十八年(公元1218年)，著名阿拉伯人后裔蒲寿庚，时任福建行省左丞，与受道学影响极深的兄长蒲寿宬，两人共同捐钱，重建清源纯阳洞道、佛寺观。三年后，蒲寿宬之孙蒲一卿与富人孙信斋，再次协力修缮清源山纯阳洞道、佛寺观，至今在摩崖上还有记载。元代贞元年(公元1295年)，泉州天庆观改为玄妙观。

明代，朝廷一级一级设立管理的道教事务的机构。中央设置道录司，府设置道纪司，设都纪、副都纪各一个；州设置道正司，设道正一人；县置道会司，设道会一人。明朝政府这种管理道教事务的官员，一般由道士充任，只设官职，不给俸禄。泉州道纪司设在玄妙观。

明朝前半期，道教仍然盛行，泉州修建不少的宫观。如洪武年间(公元1368-1398年)，重修建紫帽山金粟真观。惠安人杨必禄、张崇道重建惠安东岳行宫。明初，有纪道士寄寓泉州玄妙观，他的徒弟为著名道士董伯华。

明朝中期，封建统治思想支柱是儒家思想，视道教为异端，但又强调神道设教以助教化，又吸收道教某些思想来充实儒家思想，作为封建统治的有效工具。所以明朝中、后期，上层道教虽然逐渐衰微，然民间道教仍然十分盛行。明代时期，屡次修建泉州紫极宫；正统九年(公元1444年)，道士吴云靖于紫帽山建古玄室；德化崇道观、安溪清溪宫、惠安科山寺、龙津观等宫庙一再得到修建或者重建。

明代泉州也出现一些著名的道士，如吴云靖、董伯华。董伯华，晋江人，得道于吴云靖，后来在清源山紫极宫去世。传说董伯华有风、雷、云、雨诸画像，及雷石一块，磨水可以治疗各种疾病。风、雷、云、雨四幅画像，被称为四顾眼，无论从哪一个角度看，画中的风、雷、云、雨诸神的两只眼睛，都与欣赏者的两只眼睛相对，堪称明代泉州地方图画之绝技。

本世纪50年代初，厦门大学人类学教授林惠祥来泉州考古，据传泉州东街郭氏后裔仍然保存着祖传道教雷公石和云、风、雷、雨神图，立即拜访郭家。其后裔表示雷公石可赠与厦门大学，但四顾眼图画则不知去向。50年代末，厦门海关发现四顾眼图画，送还泉州。如今，这四幅画完好保存于泉州市文物管理委员会。

我国民间早有雷公的传说，以为雷公一手拿斧头，会从天上打下来。汉代山东武氏祠石室的石刻，便有雷神像。宋代沈括《梦溪笔谈》就解释过：远古人类的石器埋于地下，雷雨后因流水冲刷，露出地面，被人发现，不知为何物，大惊小怪，于是便产生迷信，甚至要用雷公的威力来避邪治病。

明代李时珍《本草纲目》也把雷公石列为药物之一，并3厘米，最厚处2厘米。刃口一面斜削，另一端原应是平的，但已被磨水治病，磨成浑圆了。雷公石今保存于厦门大家人类学博物馆。注明其功能是能够压惊，用法是磨汁服用或水服用。泉州的雷公石，其实是新石器时代的石锛，呈长方形而扁平，长14．3厘米，最阔处6．明代泉州也出现一些著名的道教学者，如进步思杨家李贽、官绅陈用宾、解元李光缙等。明朝中后期，泉州人李贽(公元1527-1602年)著《易因》，后被收入道德经籍总汇《藏》。李贽的晚年，用七年时间研究《周易》。据李贽的学生汪本钶的《卓吾师先师告文》云，李贽读《周易》的情况是每卦自读千遍，达到忘食忘寝的地步。李贽作《周易》的目的，是对历代注解《周易》之书的不满，以为多属臆测附会，《易》的道理尽失。

李贽认为孔子以后的《易》学，大多背离《周易》本旨，所以他担当起疏理《易》的重任，阐发《周易》经传之本义。后来李贽又避祸入河南商县的黄檗山中继续研究《周易》，修改《易因》，直到友人马经伦保护他到河北通州，乃继续修改《易因》。一直到他被捕入狱前，《九正易因》方告脱稿。所以这是他最后学术著作。

清代，最高统治者重佛抑道。乾隆时，正一真人的官阶由二品降到五品，并禁止其差遣法员传度。又限制天师的的职权，只准许他统驭本山道众。道光时，宫廷停止了传统的天师朝觐礼仪，上层道教的地位日益衰微。但统治者仍然继续利用民间道教，作为维护其统治的补充。所以泉州的民间道教仍然流行。

清朝道教职官承袭明制。泉州道纪司仍设于元妙观，康熙年间玄妙观避讳改名元妙观。明清时，泉州正式道士必须到江西龙虎山天师府受箓，才能取得道职。清政府认为道教有助教化，对泉州一些重要的宫观屡加修缮，因此一部分道教宫观得以保存。如元妙观、东岳行宫、府(县)城隍庙、北帝庙、法石真武庙。泉州地方政府也对一些重要道教观，提高祭祀规格以利教化。清初对府、县城隍庙进行春秋二祭，光绪十九年(公元1893年)对泉州城里三教铺龙宫庙的城隍神，敕加昭威封号。