代之以庵为据点，以社、会为教团组织形式，深入到普通群众当中传播教义、发展教会组织。全真教的宗教实践分内外两大部分，内功即内丹修炼，全真教提倡性命双修，以性功为主导，性功修炼的目的是从世俗的物质和精神束缚中解脱，达到精神的自由和纯粹的境界，这境界的思想内核是儒释道的圆融，在全真道正式与道教挂上钩后，这一境界就与道教的仙境汇合：莲花出水腾颜色，叶叶分明是个仙。命功则是以自身的精气神等具体物质元素为药物，进行改变形体、延长生命的修炼。同时，还提倡从事符合伦理道德的社会活动，将之规定为长生成仙的必要条件、修性修命的基本内容，此为外功。

全真教取儒家的忠孝仁慈，要求全真弟子忠于君王，遵守国法，多行善积德，甚至认为忠孝仁慈胜出家：为官清政同修道，忠孝仁慈胜出家，行尽这般功德路，定将步去归云霞。全真教的宗教思想和实践决定了它与民间生活的融入能够达到前所未有细致和深入，因为在某种意义上说，它并非一种孤悬于社会之外的宗教：全真教的宗教实践本质上是一种社会实践，不是以个人得道成仙为目的隐居焚修。以自明心性为体，以关怀世俗社会的功德为用，由体而致用，是早期全真教的基本精神。如王重阳提出的物外结亲，把道教的师徒关系纳入了宗法关系之内，以师代父，更是使得即使道教内部的宗教社会也具有与一般世俗社会相同的亲情伦理。刘祖谦对王重阳用通俗化的手法传教和全真教深入民心、世情的状况有很好的总结：

夫大音不入俚耳，至言不契众心，故多

为玩世辞语，使人喜闻而易入。其变异谈诡，

千态万状，不可穷诘。权智倒横直竖，

均于扶世立教。良有以也。

王重阳用玩世辞语、变异谈诡，权智倒横直竖，让一向不入俚耳、众心的大音、至言，成为老百姓喜闻乐见、易懂易记的东西，为自己争取了更多的信徒，也更好地融入现实社会。

宋元道教的重要内容是内丹，内丹的流传，已经越过纯粹的宗教界限，为社会各阶层接受，从帝王将相到贩夫走卒，都有感兴趣者。《春渚纪闻》载：丹灶之事，士大夫与山林学道之人，喜于谈访者，十盖七八也。宋代士大夫苏轼号东坡居士，欧阳修号六一居士，司马光也自号齐物子，都与道教有渊源。苏辙《龙川略志》载：有一次，苏辙告诉朋友说自己做了一个梦。朋友说梦境和现实不一致，是因为自己的性不全。苏辙则说这个朋友不仅知道术，而且懂得道，并对道和术的关系作了精辟的概括：盖于道无所见，则术不能神。著名理学家朱熹，一生向往丹道之事，曾化名崆峒山道士邹诉撰《周易参同契考异》，儒者夏宗禹作《悟真篇讲义》、《阴符经讲义》、《药镜讲义》，理学家真德秀为之作序。从内丹道自身的情况来看，也消融了严格的教派门户之见，融入世俗的精神贯穿其中。道教史上重要的内丹南宗，实际上更近于一种影响甚大而无严格组织门派的社会思潮：南宗’之名，乃后人所加。用以区别于全真一派北宗。若就广义的、内丹学意义上的南宗’而言，应指奉张伯端一系内丹学的内丹学派。除白玉蟾及其门下行符箓祈祷的道士们有本派靖治、教团组织外，南宋社会上宗承张伯端一系内丹学说者，并无教团组织、其成员不限于职业道士。除了文人士大夫，内丹修炼也及于普通老百姓：两宋内丹修炼者既有陈抟、张无梦、蓝元道、张继先、王老志、曹文逸等名道士，有王溥、晁迥、张中孚、李观、曹国舅等名公巨卿，有种放、李之才等隐士名流，有张伯端、夏宗禹等幕僚，也有市井百工之流如缝纫为业的石泰、箍桶盘栊为业的陈楠、涤器为业的郭上灶等劳动人民，乃至乞儿、妓*、和尚，无所不有，可谓遍于社会各阶层。可见，内丹在这时影响之大、之细，远非信仰领域的宗教行为可比拟。

总的说来，宋元时期道教的教门教派大多不是迥然有别于世俗的宗教组织团体，而是更细更深地与世俗生活融合渗透，回归了早期道教起于民间、面向民众的传统，也在理论和实践上体现了道教推行教化、移风易俗、陶铸民彝的宗教精神。宋元是道教的教义教理发展繁盛的时期，南宗的内丹理论，王重阳、丘处机等全真高道的宗教思想都引人注目。宋元教理教义与前代道教有着密切的承传关系，但也在悄然发生着变化，最为显著的特征是不再强调作为一种独立宗教的特殊的思想内质，而是立足于整体的社会文化思潮，在与其他思想的融合与渗透中建立自己的教理教义，也不似前代道教那样有意彰显宗教的神秘性和无限性，而是从常情常理出发，建立符合现实世界认识方式和思维逻辑的理论。

宋元南宗是在唐末五代兴起的内丹的基础上发展而来的。唐代丹术非常兴盛，但铅汞类丹药又屡屡失败，让不少人送了命，迫使人们开始转向理论性的思考，寻找炼丹能让人长生成仙的理论依据，《正统道藏》映字号的无名氏注《周易参同契》和署名钟离权的《钟吕传道集》就是为解释外丹的失败应运而生的新的理论著作。这两部著作充分利用了宗教体验和宗教修炼的神秘性和主体性特点，轻而易举地将屡屡失败备受责难的外丹转化为了内丹。《周易参同契》注乾坤坎离说；在人则乾为首，而备耳目鼻口舌之显于外者也；坤为腹，而备心肝脾肺肾在乎体内也。在人则肾属坎而居乎下，心属离而居乎上人之坎男离女媾，则众石实自此而基也。这样，就将传统丹术中真实的水火转变为人体内的心肾之气，丹炉也不是真实的火炉，而是人体，先前炼丹中必备的乾坤坎离、龙虎男女，包括河车黄芽等药物。都是人体内本来就有的器官和功能，炼丹成为了人体的某种特殊的生理过程。将真实的铅汞鼎炉之类转化比喻为人体的器脏和功能，是利用宗教修炼的神秘性将其虚无化了，同时也是用现实世界的认知逻辑来对宗教进行的调整，可以说，内丹术的诞生是为了弥补外丹不合现实认知逻辑的荒谬及对外丹术的屡炼屡败作出的解释。

即使这样，在现实的认知原则的检验下，这种以人体为炉鼎、心肾为水火的内丹仍然十分虚无缥渺，尽管钟吕丹道一出现就被视为有挽救丹术之颓势的能力而为道士们所热衷，却一直不乏诘难。张伯端被视为南宗内丹的始祖，自称得真人赠送金丹药物火候的秘诀，他的《悟真篇》是专讲内丹的著作，在《悟真篇》序中张伯端小心翼翼地表露过自己的怀疑：

今之学者，有取铅汞为二气，指脏腑为五行，分心肾为坎离，以肝肺为龙虎，用神气为子母，执津液为铅汞。不识浮沉，宁分主客？何异认他财为己物，呼别姓为亲儿？又岂知金木相克之幽微，阴阳互用之奥妙？是皆日月失道，铅汞异炉，欲望结成还丹，不亦远乎。