宋元时期道教改革之风遍及江南河北，不仅有新道派涌现，而且汉魏六朝时已形成的正一派(天师道)、上清派、灵宝派等三大旧符箓道派，在教义上也有许多革新和变化。

正一派创始于汉末祖天师张陵，在道教诸派中历史最为久远。大约在唐代，张陵后裔迁居江西贵溪县龙虎山传教，该山成为天师道中心。到了宋元时期，正一道因统治者的扶持而日渐兴盛起来。宋真宗大中祥符八年(1015)，召第24代天师张正随入京，赐号贞静先生。此后历代正一天师均得到宋室所封先生称号。宋徽宗宠信第30代天师张继先，数次召见问道，赐号虚靖先生，赏给金铸老君及汉天师像，并将龙虎山上清观改升为上清正一宫，赐银扩建，拨步口田五万为庙产。南宋理宗嘉熙三年(1239)，诏命第35代天师张可大提举江南三山符箓，兼管御前诸宫观教门公事。正一派从此取得统领道教符箓诸派的地位。南宋灭亡后，元世祖忽必烈于至元十三年(1276)召见第36代天师张宗演，赐以玉芙蓉冠，组金无缝服，命他主领江南诸路道教，赐给银印。次年又封张为真人，命于长春宫主持周天大醮。此后元朝历代天师嗣位，皆沿例赐封为真人，袭掌三山符箓及江南诸路道教，有权荐举任免江南各地的道录与宫观提点，奏请新建宫观名额及度牒。第38代天师张与材因劾治潮患有功，被元成宗封为正一教主，武宗即位后又授金紫光禄大夫，封留国公，赐给金印，秩视一品。第39代大师张嗣成被封为翊元崇德正一教主，并授集贤院知事，掌管天下道教事务。元朝宠遇张天师后裔，是想利用正一道在民间的影响笼络人心，缓和民族矛盾，通过正一天师控制江南道教。

元代正一道士中，还出现了荣耀超过天师的张留孙、吴全节师徒。张留孙(1248-1321)原是张宗演弟子，至元十三年随师入朝，对答称旨，遂留侍阙下。元世祖常向他询问修身治国之道，又为皇太子、皇后请祷治病有验，因而得到宠信，被封为上卿，赐给宝剑，并敕命两京各建崇真宫，让张留孙居之以掌祀事。后又加封他为玄教大宗师、道教都提点、管领江北淮东淮西荆襄道教事，佩银印。元成宗、武宗、仁宗等朝，对张的宠信亦始终不衰，朝廷有大谋议，必见谘问。张去世后，弟子吴全节(1269-1346)继承师位，出任玄教大宗师，赐真人号，总摄江淮荆襄等处道教。他掌教二十五年，好与儒士结交。去世后，夏文泳、张德隆、于有兴等人相继出掌玄教宗师。直至元朝灭亡后，明太祖只承认张天师后嗣，张留孙的玄教法嗣遂告终结。

宋元两朝正一天师及张留孙、吴全节之流，虽累受朝廷封赐，尊荣至极，但他们多以符箓斋醮为能事，无著作留下，对教义的发展贡献不大。唯有第30代天师张继先博学能文，撰有《明真破妄章颂》等诗文，阐扬正一宗旨。正一道法原本以符箓咒术为主，不讲内丹心性修炼。张继先顺应时代潮流，学修内丹。他认为心性为万法之宗，九窍之主，生死之本，善恶之源。只有内炼心性，保养精气元神，才能超越生死，脱离苦海。他还学习当时新符箓道派的神霄雷法，以内丹修炼与符箓法术相结合，主张以自我内炼，真性不迷为本，以施用符箓咒诀为末。认为此心心外更无法，咒诀符图妙合心，心合将灵为妙用，灵光一点便为灵。就是说心中的一点灵光可以通天感神，达到役使鬼神的目的，所以作道法时要内炼心性，而书符上章，召神降魔等事项皆须与心相合才能灵验。如果心灵不明，只是妄作画符念咒，则不可能灵验。这种唯心主义的咒术哲学，是宋元内丹学说影响符咒方术的产物。

茅山上清派在宋元两代仍受统治者重视。第23代宗师朱自英应宋真宗召请，为国求嗣有功，被尊为国师，并敕建茅山乾元、天圣二观。又为明肃太后传授大洞毕法，赐号观妙先生。第25代宗师刘混康，应召为哲宗皇后孟氏治病，因而赐先生号，敕命江宁府改建其茅山旧居为元符观。宋徽宗即位后，对刘混康更为尊崇，敕令扩建元符观为元符万宁宫，并赏赐九老仙都玉印、玉器宝剑及御书画等。死后追赠为葆真观妙冲和先生。南宋时，上清第35代宗师任元阜，曾应宋宁宗诏命修大醮治水患，赐先生号。到了元代，上清第43代宗师许道杞因祈雨有验，蒙元世祖召见，赐以宝冠法服。第44代宗师王道孟，也因祈雨驱蝗事迹，被元室赐予真人号。第45代宗师刘大彬，，搜集茅山上清派文史资料甚为丰富。

宋元上清派道士也受时代思潮影响，采摭新说以丰富上清派传统道法。上清道法原以存神守一、诵经念咒为主，不言内丹。南宋上清法师萧应叟，却承袭蜀人张天罡、彭梦蘧一派的内丹功法。萧所撰《元始无量度人上品经内义》，以内丹学说解释《度人经》。认为内炼之要在守摄眼耳鼻口意诸窍，不随逐物欲，使先天一灵不泄于外，五气保固于五脏，精气神混一成丹。如此则内能长春不老，与天齐休，外能发布真杰，化土石为宝，起枯骨成人，乃至救万病、辟邪妖、动风雷、挟万物、拔幽魂，此即所谓《度人经》之上品大乘法要义。可见其道法亦以内炼成丹为本，以发布真气治病辟邪等符咒法术为用，与宋元新符箓派雷法相似。

灵宝派在隋唐五代沉寂无闻，传承法嗣不明。直至北宋时，才在江西清江县阁皂山出现传授灵宝经箓的派系，称作阁皂宗。宋哲宗绍圣四年(1097)，敕命以龙虎山、茅山、阁皂山为江南三大符箓派。元代阁皂山万寿崇真宫第46代嗣教宗师杨伯，被朝廷加封为“太玄崇德翊教真人。除阁皂山宗门之外，灵宝派在宋元间还分化出一支流东华派。该派远追徐来勒、葛玄、郑隐、葛洪、陆修静等人为本门宗师，实际创始于北宋末年。创始人宁全真(1101-1181)，原名宁立本，字道立，开封府人。年少时被尚书王古邀作史掾。据说有个叫田灵虚(法名思真)的道士在庐山遇见陆修静，得授三洞经教。王古延请田灵虚至家中，命宁全真抄录其道法。田灵虚见宁全真对经箓秘文一见辄悟，遂授道于他。宁全真“自是修持不怠，能通真达灵，飞神谒帝，名振京师。后遇靖康之变，宁奉生母渡江南下，以斋醮祈祷之术行化于江南。绍兴十六年(1146)，宋高宗召他设醮祈晴，又请入宫祈禳金兵南侵之患，赐号洞微高士，继而迁升赞化先生，常主持朝廷醮祭法事。江浙士庶慕其道而归之者如市，从其学道者甚多。

宁全真开创的东华派在南宋传承不绝。据《道法会元》卷244灵宝源流所列，东华派传承法嗣，自陆修静以下相继有王古、田思真、宁全真、王契真、赵德真、宋存真、张洞真、孔敬真、卢堪真、薛颐真、林灵真等人。林灵真为宋末元初人(1239-1302)，原名伟夫，字君昭，其家世居温州平阳。早年学儒家经书，因科举不第，弃儒从道。随薛颐真学道多年，有所深造。乃绍开东华之教，蔚为一代真师。他被第38代天师张与材擢为温州路玄学讲师，继升温州道录，敕授灵宝通玄弘教法师教门高士。其弟子甚多，龙虎山道士董处谦、玄教大宗师吴全节等皆从其受教。董处谦继林灵真为东华掌教，其后又传第39代天师张嗣成。大概在元代后期，东华派已归入龙虎山正一道门下。

灵宝东华派的经典，主要有王契真、林灵真二人根据宁全真所传道法编成的两部大书，即《上清灵宝大法》66卷、《灵宝领教济度书》320卷。从书中可看出东华派斋醮祭炼法术亦受时代思潮响，吸取内丹和雷法。《济度金书》宣称：摄召鬼神和亡魂，必须月“元始之真光；以运神为主，至于歌章吟偈，乃科仪耳。所谓元始真光，即内丹家所说元神或心中一点灵光。书中又强调炼度亡魂阴鬼超升，须以法师自己内炼全阳为本，若未能全我之阳，便不能补彼之阴而全其形神。又如《上清灵宝大法》宣称：行灵宝斋法祈禳炼度者，必须常修大定之法。其法于每日清晨静坐寂定，存心端谨，无内外想，澄心绝虑；继而运绛宫赤炁(心火)下降，玄泉(肾水)上升，使心血肾精二炁交合，放入丹田中孕生婴儿；其次再存想婴儿自夹脊直上泥丸(脑部上丹田)，行周天运转。可见其法术取自内丹功法，而略加上清、灵宝派存思旧术，大抵以内炼成丹为外用符箓之本。

总而言之，正一、上清、灵宝三派的教义方术，在宋元时期都有所革新，以内丹修炼与符咒法术相结合，是改革的主要趋向。元代后期，南方新旧符箓各派相互交融，已难分泾渭。它们以龙虎山天师道为首，逐渐融合成一大派系，总称为正一道。