这个时期道教发展发生重大变化：一是神仙道教宗金丹派（外丹黄白术）的衰落和内丹学的大兴；二是全真道的创建和流行全国。这种情势的出现和异族统治国破家亡的社会现实有莫大关联，道教的命运始终和中华民族的命运息息相通。华夏族昌，则道教昌，华夏族衰，则道教衰。
王朝和道教
宋朝全朝信奉道教。太祖尊道教，需要道教之符命来证明自己是真命天子。
真宗赵恒对符箓道教推崇备至，喜欢大造祥瑞和天书，认道教神仙赵玄朗为祖宗。宋代屡屡给玉皇大帝尊号，称昊天玉皇大帝，使玉皇大帝的地位被突出。
宋徽宗赵佶，为著名崇道皇帝。他既信奉道教，本人也是全国教主，宠遇神霄派弟子林灵素。徽宗建立道学制度和道学博士，道官中最高的称为金门羽客。
宋理宗崇尚天师道经箓派，他召见正一道士第三十五代天师张可大，命其提举三山符箓，使正一道成为江南天师道经箓道教的领袖。
北方沧州刘德仁创立大道教，卫州萧抱珍创立太一教，得到北方政权金的承认。
金世宗时，王重阳创立全真道，其弟子刘处玄和丘处机先后掌教期间，得到金廷承认。在金元交替之际，处机审时度势，不奉南宋和金人之詔，以七十高龄，率弟子十八人，而远赴万里之外的西域雪山，历时四年，见到了成吉思汗，处机以道教清心爱民之旨告诫成吉思汗少杀戮，得到成吉思汗敬重，使中国民众少了蒙古铁踢流血之祸。处机回京后，住在长春宫（今白云观）。在那灾难深重的年月，人们纷纷逃入全真门下避祸。有云：中原狼虎怒垂涎，幸有桃源隐洞天，流水落花依然在，请君乘取断头船。全真道教团迅速扩张，随着元的统一，全真道传向全国。
龙虎山天师道第三十八代天师张与材，以术劾治潮患有功，被元廷封为正一道教主，主领三山符箓，元皇室的目的是笼络人心，并控制江南的道教活动。忽必烈对投他心意的正一道士张留孙、吴全节师徒留在身边，封为玄教宗师，统领北方道教。
元廷兴宠藏传佛教，番僧气焰非常嚣张，忽必烈封其师八思巴为国师，下令两次焚毁《道藏》，这是道教史上的大劫难。《辍耕录》：至元间释氏豪横，改宫观为寺，削道士为髡，各处陵墓，发掘殆尽。
宋辽金元时期全国的道派
主要有四类：一是由神仙道教和禅宗融合而成的内丹派，即全真道南宗和北宗；二是传统的天师道经箓派道教，包括龙虎山（正一道）、闔皂山（灵宝派）、茅山（上清派）三山符箓；三是由经箓派和内丹派融合而成的雷法诸道，包括神霄派、清微派、武当派、天心派等；四是以儒家学派和道教融合产生的新道派，如净明道以及北方的太一道、真大道等。
内丹派南宗和全真道。内丹派兴起于唐末的神仙道教，其奠基人是钟离权和吕洞宾。当时还有一批内丹家，诸如崔希范、陈朴、施肩吾、彭晓、麻衣道者、陈抟。刘海蟾等。神仙道教内丹派多以内丹的观点解释《周易参同契》，汲取其中以日月运行规律描述炼丹过程的理论框架和套用其龙虎铅汞的术语，故尊《周易参同契》为丹经之祖。
刘海蟾在四川，将金丹派秘诀传给张伯端。伯端晚年得道，著《悟真篇》、《青华秘文》、《金丹四百字》等。
张伯端传石泰（号杏林）-薛道光（号紫贤）-陈楠（号翠虚-人称陈泥丸）-白玉蟾（号海琼子-封紫清真人）。上面五位，被尊为南宗五祖。
宋代神仙道教，不止南宗一派，如麻衣道者传陈抟、陈抟传张无梦，亦形成一派丹系。明初，火龙真人传张三丰，开隐仙派一系。
特别说明，真实历史上，张三丰和少林寺无任何关系，金庸是错误的。
内丹派南宗，主要活动于南宋时期，属于神仙道教派系，南宗之名是世人比照北方传内丹的全真道而来。南宗和全真道内丹皆祖钟、吕，元代全真道南传，势力大，陈致虚自称得到南北二宗真传，力主在全真道名义下合并南北二宗，被两宗普遍接受，内丹派南宗遂归并入全真道。
全真道由王重阳创立，主张三教合一，宣扬教虽分三，道则唯一、天下无二道，圣人不两心。
重阳弟子七个，在内丹上各立门户。
丹阳真人马钰：遇山派。
长真真人谭处端：南无派。
长生真人刘处玄：随山派。
长春真人丘处机：龙门派。
玉阳真人王处一：嵛山派。
广宁真人郝大通：华山派。
清净散人孙不二：清净派。
全真派为中国道教大宗。
以正一派为首的天师道经箓道派正一道自张正随于北宋受到宋真宗召见赐以先生号，正一道称为三山符箓道教的领袖。正一派著名道士为第三十代天师张继先，他除了传正一派原有的符箓咒语、斋醮祭炼之术外，还传刘海蟾的内丹术，否定天师道承传的房中术，又行神霄派王文卿的雷法。
上清派中，著名的道士为茅山宗的第二十五代宗师刘混康，还有就是刘大彬，他撰写了《茅山志》，为元代遗留下来的重要道教史料。
灵宝派在宋元期间以闔皂山为本山，主要行符咒斋醮和度亡祭炼之术，但也掺和进雷法和内丹功。
雷法诸位派。
雷法为内丹和符箓结合而成的道派，主张内炼成丹，外用成法。神霄派雷法中，林灵素和王文卿皆得真传，但林灵素一派不显，王文卿派大盛。神霄派雷法多以南宗内丹功为根基，认为雷法以符箓召摄的雷将，实即自身五脏之精气感应而来，故需以丹功为体，以符箓为用。
清微派也是以雷法显著于宋元之际。此派创自唐昭宗时期的祖舒，经郭玉隆、朱洞元、李少微等，后传黄舜申，又传武当山道士张道贵等。清微派和神霄派的符箓不同，但以内炼为主。
正一道中还繁衍出雷法新派，传天心正法，为天心派。天心派雷法以北极星为主神，存思日月星三光，内炼神气，外用符印，可以降妖捉鬼，炼度亡魂。净明道是由儒学和道教合流而产生的道派。该派以晋代的许逊、吴猛二真人为祖师，许逊仙成后，传十二真君，开玉隆山道派，以道术济世救民。南宋初，周真公称得许逊净明灵宝秘法，传净明忠孝之教，旋又无闻。后复有道士刘玉，称得到许逊诸仙真传，以江西西山为本山开净明道，后传黄元吉、徐异、赵宜真、刘渊然等，形成传法系统，并集成《净明忠孝全书》。净明道人正心诚意，忠君孝亲，灭尽人欲，使心性净明，符合纲常境界。净明道士要求无论在家出家，均先要先尽人事，内修正念，外用符箓，行祈禳祭炼之法。
东华派属于灵宝派。北宋道士宁全真，有通灵之异，以内丹、雷法融汇灵宝派斋醮祭炼之术，广收门徒，八传至林灵真。在宋元之际，开东华之教，为一代真师，以济生度死为己任。
修持方法及道教教义的根本改变
宋辽金元时期，道教史上的最大事情，就是内丹学的创立和成熟，随之内丹学成了道教主要的修持方法，道教的面目为之一新。
外丹黄白术衰微，内丹学兴起，同时也带来道教修炼观念的重大变化。魏晋时期诸道书把老子的长生久视解释为不老不死，而宋元一代内丹家则认为，长生就是延长生命，提供修道的时间，只有炼成永存的元神，与道融合一体，才是修炼的目标。传统的修生延年炼养之法只不过是引人入道的舟船，长生不是形体生死，只有元神万古春。这个修炼观念的变化是道教教义的根本性转变，这使得全真道的面目和以前宣扬肉身不死的道教有了区别。
宋元时期道教鼎新，来源于当时三教融合的趋势。张伯端的南宗内丹，已经和禅宗融合。全真北宗出世的意味更浓。在宋元时期，内丹有先命后性和先性后命之分，也有男女载接同类阴阳之术和自身阴阳清净丹法的区别，但最后炼成凝聚不坏的阳神，调神出壳，飞升仙界的目标是一致的。
内丹学的兴起，也使符箓道教摆脱了原始巫术的束缚，内炼成丹，外用成法的思想得到体现。净明道在重视儒家伦理纲常的同时，也极为重视内炼功夫。如刘玉《净明忠孝全书》中说：惩忿则心火下降，窒欲则肾水上升，明理不昧则元神日壮，福德日增，水上火下，精神既济，中有真土为之主宰，只此便是正心修身之学，真忠至孝之道。
