嘉靖、万历时，民间秘密宗教有了析的发展。当时教派林立，如雨后春笋。这一宗教领域中出现的新局面，和明中叶社会思潮发展变化的形势相关。明中叶开始，出现了带有冲破纲罗、独立思考倾向的新思潮。这一思潮虽有很大的局限，却是启示思想解放和个性发展的先兆和萌芽。它的代表人物是王守仁。

王守仁有着极为坚定的巩固社会秩序从而加强王朝统治的信念。同时，他又强调个人的自我意识和觉醒。他是用唤醒良知的办法去劝导人们，使他们成为封建王朝自觉和坚定的拥护者。实质上本是维护儒学纲常伦理的说教，却闪出了启发智慧的光辉。王守仁的学说掀起了一次巨大的儒学普及运动。然而，这一运动对他来说虽然取得了很大的成功，又有他始料未及的后果，即由于儒学的普及，促进了大众的文化和智力，以及因致良知思想引起的怀疑古贤古圣的独立思考精神，必然导致和传统的纲常伦理及封建的专制统治相抵触的异端思想的出现。明中叶以后的社会思想文化状况，完全证实了这一点。

上述社会思潮，在宗教领域中也有所反映。民间秘密宗教新教派的创立，就是宗教徒在神的世界中的创新和变革。例如罗教的创立者罗清，敢于从佛教的南禅临济宗中分化出来。他著经立典，打破了宗教经典的神秘性和少数特权人物的垄断。罗清的作为，为其他民间秘密宗教教派首领人物所仿效，他们纷纷创立自己的新神，设想自己的天国，写下本教的经卷，突破了旧宗教的束缚和框模。

罗教出现于明正德年间，嘉靖、万历时迅速发展。创教人罗清，又作罗静、罗怀等。英宗七年（一四四三年）生于山东莱州即墨，十四岁投军，隶北京密云卫古北口军籍。退伍后曾拜临济宗宝月和尚、无净禅师为师，后创罗教。著有《苦功悟道卷》、《叹世无为卷》、《破邪显证论匙卷》、《正信除疑无修证自在宝卷》、《巍巍不动泰山深根结果宝卷》五部经卷，简称五部六册。罗清在明清民间秘密宗教中享有很高的威信，很多教派都称他为罗祖，奉他的五部六册为经典。罗教的教义，采取了佛教的空论，以现象之空，参证本体之空，阐发真空真谛，认为悟了真空，即可成道成佛。它宣传人人皆可成佛。此外，又吸取了道家的无为思想，以无极净土为宇宙本源。它以世界终末近，归真家乡、真父母为号召，吸收男女老幼凡愚众生入教，再加上它的劫变等思想，使罗教跨越了禅宗而成为异端邪教。

罗教出现后，即被佛教正统视为异端。当时著名的佛教大师憨清，在山东传教，得到豪族黄氏的支持。而罗教在下层社会劳动群众中传播，与憨清对立。佛教大师祩宏和密藏，更是口诛笔伐，在他们的著作《冰壶集》和《正讹集》中，痛斥罗教为蚁虫鸨聚，唱偈和佛，邪淫混难，贪昧卑汙，莫可名状。此其号难非白莲，而为殆有甚于白莲者乎！又攻击罗清的五部六册为知刚混浊、真近代魔种，号召凡我释子，宜力攘之。万历四十四年（一六一六年），五部六册被朝廷毁版，罗教被禁。

黄天道，嘉靖年间创立。创教人李普明，宣化南兴宁口人，早年投军。嘉靖三十三年（一五五四年）创立黄天道后，在宣化、大同一带传教。嘉靖三十七年（一五五八年）去世，生年不详。著有《普明如来无为了义宝卷》，其内容有较多的个人修行、长生炼养等道教内容，信奉弥陀、无生老母，宣传普渡九十二亿原人归真家乡的宗旨。李普明死后，继承他的事业的是王普光和郑普静。郑普静著有《普静如来钥匙宝卷》，卷文中有燃灯佛子，兽面人心。释迦佛子，人面兽心。弥勒佛子，佛面佛心的说法。他对释迦佛子的诅咒，实即对现实世界主宰的否定，反映了他对封建统治的不满和抗议。因为在佛经中，有所谓三世佛，三世佛又分为竖三世佛和横三世佛，释迦是竖三世佛中的现在掌世佛，是横三世佛中娑婆世界掌世佛。无论在竖三世佛或是横三世佛中，释迦都是现实世界的主宰。而弥勒佛子，佛面佛心的说法，则反映了普静对未来理想世界的憧憬和美化（弥勒为未来佛），这一思想具有很大的叛逆性，在明清时期的民间秘密宗教中很有影响。

弘阳教（或作红阳教），万历年间河北永年韩太湖所创。韩太湖奉罗清为祖师，自称罗祖转世，号飘高祖。又仿罗祖五部经，造作《弘阳叹世经》等五部弘阳经。万历二十三年（一五九三年），韩太湖进北京活动，结交太监头目，在内经厂刊印了许多宝卷，其教大兴。太监出身贫苦，大都来自河北、京畿农村，这些地区民间秘密宗教十分流行，能过他们的家庭或社会关系，教徒们不难和他们交结。这是一条民间秘密宗教谋求兴旺发达的终南捷径，所以为一些教首们所利用。明嘉靖以后，民间秘密宗教的势力潜入宫中，这一情况在嘉靖、隆庆、万历、泰昌、天启、崇祯诸朝均有反映。如万历时发生的著名的挺击案，即兴红封教有关。闻香教教言王森，也曾联络宫中太监，寻求庇护。后来清代的天理教、义和拳，也在太监中吸收教徒，甚而进行策反活动。